Το λιμάνι της Θεσσαλονίκης ιδρύθηκε ταυτόχρονα με την πόλη, το 315/6 πΧ, από τον βασιλιά της Μακεδονίας Κάσσανδρο, αποτελώντας σημαντικό ναυτικό κέντρο καθ’ όλη την περίοδο της Μακεδονικής Αυτοκρατορίας.
Κατά τη διάρκεια της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας η Εγνατία οδός, προσέδωσε στο λιμάνι εύκολη πρόσβαση σε μια μεγάλη ενδοχώρα, ενώ η στρατηγική θέση και οι συνδέσεις του, το κατέστησαν ένα από τα αξιολογότερα λιμάνια.
Κατά τη διάρκεια της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας ο Μέγας Κωνσταντίνος κατασκεύασε νέο λιμένα έξω από τα τείχη της πόλης. Καθ’ όλη τη διάρκεια της υπερ-χιλιόχρονης ιστορίας της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, το λιμάνι της Θεσσαλονίκης ήταν η φυσική επιλογή για την εξυπηρέτηση του εισαγωγικού, εξαγωγικού και διαμετακομιστικού εμπορίου της ευρύτερης περιοχής.
Κατά τις πρώτες δεκαετίες, μετά την κατάληψη της Θεσσαλονίκης από τον σουλτάνο Μουράτ τον Β’ το 1430 η πόλη σχεδόν ερήμωσε. Η Θεσσαλονίκη και το λιμάνι της ξαναβρήκε σιγά – σιγά την παλιά της αίγλη μετά τον εποικισμό της, από Έλληνες, Τούρκους και Ισραηλίτες. Το λιμάνι της Θεσσαλονίκης συνδέθηκε με τακτικές θαλάσσιες γραμμές με όλα τα γνωστά λιμάνια της Μεσογείου και εξυπηρετούσε με μεγάλη επιτυχία τις ανάγκες της μεγάλης ενδοχώρας του, γεγονός που το κατέστησε ξανά ένα από τα πρώτα λιμάνια της Ανατολής.
Η σύγχρονη ιστορία του ξεκινά την τελευταία δεκαετία του 19ου αιώνα με την επέκταση της προκυμαίας της Θεσσαλονίκης προς τη θάλασσα και τη δημιουργία τμήματος της ανατολικής πλευράς, της σημερινής 1ης προβλήτας.
Από το τέλος του Β’ παγκοσμίου πολέμου και έως σήμερα το λιμάνι της Θεσσαλονίκης συνεχώς επεκτείνεται προς τα δυτικά, καταρχήν με την αποκατάσταση των εγκαταστάσεων και μετέπειτα με την κατασκευή νέων προβλητών, αποθηκευτικών χώρων, οδικών αξόνων και σιδηροδρομικών γραμμών, με ταυτόχρονη αγορά σύγχρονου μηχανολογικού εξοπλισμού.
Σήμερα, με νέα μετοχική σύνθεση και ξένα επενδυτικά funds το λιμάνι κοιτά με αισιοδοξία το μέλλον της πόλης, αφού αποτελεί το µεγαλύτερο λιµένα διαμετακομιστικού εµπορίου της χώρας και κύριο πυλώνα ανάπτυξης για την τοπική οικονομία και τη χώρα, αλλά και την πύλη διαμέσου της οποίας εξυπηρετείται το εμπόριο της Βόρειας Ελλάδας αλλά και της Νότιας Βαλκανικής, εξυπηρετώντας κάθε χρόνο εκατομμύρια τόνους εμπορευμάτων.
Ο Α΄προβλήτας αποτελεί το σημείο σύνδεσης του λιμανιού με τον Πολιτισμό, καθώς φιλοξενεί το Κρατικό Μουσείο Σύγχρονης τέχνης, τα μουσεία Κινηματογράφου και Φωτογραφίας αλλά και αποτελεί αγαπημένο χώρο ανάπαυλας και περιπάτου για τους κατοίκους και τους επισκέπτες της πόλης.